Notre-Dame attestée entre 1130 et 1143 était celle du prieuré bénédictin de Perroy. Elle a été affectée au culte réformé dès 1536. C'est en 1481-1487 que la reconstruction de l'église a été reconstruite dans son état actuel. L'église de Perroy, a subi d'importantes transformations, en particulier au commencement du XIXe siècle, et fut remarquable restaurée en 1915, sous la direction de M.F. Gillard, architecte. La nef présente trois belles fenêtres gothiques. Le cœur classé au nombre des monuments historiques, date vraisemblablement de la fin du XVe siècle. Au-dessus du cœur, on a découvert un caveau funéraire voûté auquel on accède par un escalier, dissimulé sous la dalle portant les armoiries de la famille de Martines (propriétaire de la maison qui, en 1841 est devenue la cure). D'autres restaurations importantes ont eu lieu soit en 1936-1937 et en 1985.

Perroy a été près d'un siècle la paroissiale de Rolle, qui d'en fut détaché comme paroisse distincte qu'en 1621. La paroisse comprend en 1943 Perroy, avec Allaman comme annexe, et la commune de Bourgy-Villars. Parmi les pasteurs de Perroy (1670-1675), mentionnons J.-J. Bonnard qui fut sévèrement puni… pour avoir osé mettre en cause le seigneur d'Allaman auprès du Suprême Consistoire de Berne, et signaler à l'autorité de surveillance le mauvais exemple que donnait ce châtelain à ses paroissiens scandalisés. Le petit Conseil notifia à la classe de Morges que Bonnard était déposé à son ministre ! Cependant au bout de cinq ans, le courageux pasteur fut autorisé à postuler une place. Il fut nommé à Longirod où il acheva sa carrière.