St-Germain naît à Auxerre vers 380 dans l'aristocratie gallo-romaine d'Auxerre (alors appelée Autessiodurum). Il étudie le droit à Rome et, avocat, exerce de "hautes charges dans l'administration impériale", selon Patrice Wahlen, historien auxerrois et auteur d'un ouvrage sur saint Germain.Il est élu "malgré lui" évêque d'Auxerre par le clergé et le peuple et sacré le 1er juin 418. Il effectue plusieurs voyages, dont deux en "Bretagne" (l'actuelle Angleterre) et décède à Ravenne, en Italie, en 448. Son corps est alors ramené à Auxerre où son tombeau se trouve encore, dans les cryptes de l'abbaye Saint-Germain.

Saint Germain a enseigné Saint Patrick, le saint patron de l'Irlande, à Auxerre. "On peut faire le lien entre Auxerre et les églises celtiques", explique Arnaud Montoux, prêtre de la paroisse Saint-Germain d'Auxerre. "Auxerre a été une sorte de tête de pont de l'évangélisation des terres celtiques à l'époque de saint Germain."Lors de ses voyages en Bretagne, saint Germain a également rencontré Geneviève, future sainte patronne de Paris. Saint Germain y a d'ailleurs son église, dans le premier arrondissement : Saint-Germain-L'Auxerrois, paroisse des rois de France. Un nom connu au Royaume-Uni, en Allemagne et même outre-Atlantique, puisqu'il existe une paroisse Saint-Germain-L'Auxerrois au Canada.