Un premier culte protestant fut célébré dans la commune dès 1819, dans la maison (aujourd'hui le bâtiment de la Mairie de Vernier) du pasteur François-Marc-Louis NAVILLE ;(1784-1846) ce n'était au début qu'un culte de famille, où peu à peu les protestants de Vernier furent admis. En 1825, le Consistoire voulant régulariser ce culte, proposa au Conseil d'Etat de conférer à M. NAVILLE ; le titre de pasteur des protestants de Vernier et de Meyrin. En 1832, le pasteur Eugène PICOT, gendre de François NAVILLE, lança l'idée de construire une chapelle. Le temple, construit le long du chemin de Sales d'après les plans de l'architecte GUILLEBAUD, sur un terrain offert par François NAVILLE, fut inauguré le 30 avril 1837. Il s'est agi de la première chapelle protestante sur territoire catholique. En 1909, la paroisse de Vernier-Meyrin devint officielle dans l'Eglise nationale protestante de Genève. Aujourd'hui, la paroisse de Vernier est séparée à celle de Meyrin. Malgré que cette chapelle est de religion protestante une croix à toujours dominé son clocher.