Les premières mentions faites des cultes de la communauté israélite de Porrentruy indiquent les lieux des oratoires utilisés à cet effet dans les années 1860, tout d’abord dans la maison de Jean-Baptiste Landry, à la Grand 'Rue, puis chez Antoine Vidolf, Boucher, dont la maison se situait à la Rue des Annonciades. L’exiguïté des locaux d’alors amène les membres de la communauté juive à discuter des moyens à mettre en œuvre pour construire une synagogue,

Une commission administrative est nommée, le 30 mai 1869, placée sous la présidence honoraire du rabbin Lévy de Seppois. Pour y subvenir financièrement, la commission cherche à se procurer les premiers fonds par des souscriptions volontaires et des quêtes faites au dehors de la communauté, ainsi que par une cotisation hebdomadaire ou mensuelle imposée à chaque membre de ladite communauté. La commission se fixe un délai de six mois pour voir si les sommes recueillies sont suffisantes pour établir un compromis avec un entrepreneur. Lors de la séance d’avril 1870, Le comité décide de demander au gouvernement de Berne l’autorisation d’organiser une loterie afin d’augmenter les ressources en faveur de la construction de l’édifice.

Inauguration de la synagogue le 3 septembre 1874.On savait depuis longtemps les jours de la synagogue de Porrentruy comptés. Cette fois, ça y est : les machines de chantier sont sur place, la démolition a débuté. Déjà le toit et les clochetons ont été démontés. C’est à la suite d’une longue « agonie » que la synagogue bruntrutaine disparaît. La dernière cérémonie religieuse y a été célébrée en... 1972. Il n’y a plus, actuellement, qu’une ou deux familles juives à Porrentruy, d’où la désaffection de l’édifice. Pourtant, ce sanctuaire répondit, en son temps, à un véritable besoin. Il fut construit en 1874. De nombreuses familles juives, fuyant l’Alsace dominée par l’Allemagne, s’étaient alors installées en Ajoie. Depuis, la situation a changé et, désaffectée, la synagogue était la victime et du temps et des vandales.