A la suite de la guerre de 1870 et du rattachement de l’Alsace-Lorraine à l’Allemagne, Porrentruy est devenu un point stratégique des relations entre la France et l’Italie et dès 1872, au moment où s’achève la construction de la gare, la ville est rattachée au réseau français par Delle, cinq ans plus tard la liaison est faite avec Berne. Si le bâtiment principal n’a guère changé, les annexes (services douaniers, lampisterie) ont été rasés.