Longtemps délabrée en raison des faibles moyens des paroissiens, l'église de Veyrier a été reconstruite dans les dernières décennies du XVIIIe siècle. Terminée en 1774, elle fut consacrée en présence de l'évêque en septembre 1789 le jour de la fête de Saint-Maurice, patron de la paroisse.

Pendant la Révolution française, les biens de la cure furent vendus, les objets du culte dispersés et le clocher détruit.

Il fallut attendre le XIXe siècle pour qu'elle retrouve son clocher, d'abord reconstruit dans le style savoyard, puis modifié en 1907 dans le style bernois qu'on lui connaît aujourd'hui.

Les dernières rénovations ont été réalisées en 2000 pour l'extérieur et en 2007 pour l'intérieur.

Le coq du clocher, restauré lors de la grande réfection de l'église en 2000, contient des documents et des objets, témoins de la vie de la paroisse en cette même année (feuillet dominical, bulletin Paroisses Vivantes, liste des responsables paroissiaux et le journal du jour).

L'horloge du clocher a été installée en 1854. En 1886, le Conseil d'Etat demanda aux communes de régler les horloges sur l'heure suisse (dite heure de Berne) « pour éviter des quiproquos préjudiciables aux étrangers de passage ».

Le 1er juin 1894, le Conseil d'Etat demandait au maire d'avancer les aiguilles d'une demi-heure pour adopter « l'heure de l'Europe centrale ».

A droite de l'entrée de l'église se trouve la tombe de Claude-François de la Fléchère, fils de Pierre-Claude de la Fléchère, maire de Veyrier et d'Etrembières en 1813.