Dans sa partie ouest, la vallée du Locle s'achève par le puits naturel en entonnoir du Col-des-Roches, où les eaux du Bied s'engouffrent en formant une chute de plusieurs mètres. Point de départ de la construction des moulins souterrains, ils seront transformés en abattoir-frontière avant d'être fermés en 1966.

En 1973, un groupe d’amateurs d’histoire et de spéléologie entreprend le nettoyage de la grotte et la restauration partielle des moulins. Il faudra 15 années de travail pour que la Confrérie des Meuniers du Col-des-Roches puisse rendre au public les Moulins souterrains du Col-des-Roches.