Le terme de Sembrancher fait référence à une dépendance de la Maison du Saint-Bernard apparaissant dans un document de 1177, Ecclesia sancti Pancratii de Branchi, autrement dit l'église dédiée à saint Pancrace de Branche. Au cours des siècles, les formules latines de "Pancrace" et de "Branche" vont être utilisées en alternance, chaque fois précédées du terme "saint".

L'appellation en vigueur jusqu'au XVIIIe siècle est celle de Saint-Branchier ou de Saint-Brancher et elle sera modernisée en Sembrancher.

Ses armoiries actuelles présentent un rameau de sept branches tenu par une main. Les anciennes représentations proposent un bâton soit à cinq branches, se rapportant directement à la phonétique du mot, soit à trois branches, faisant alors référence aux trois vallées de l'Entremont qui se rejoignent définitivement à Sembrancher.