Le clocher de l’église de style franc-comtois, date de la rénovation intervenue au XVIIIe siècle. Jusque là le sommet de l’édifice religieux, était formé d’une flèche avec, à sa base quatre clochetons. On disait alors : « l’église de Porrentruy a cinq tours et 400 (quatre sans) cloches ». Sur cette carte on devine également une partie des remparts. Bien que rénovés, ils conservent les traces des attaques menées par les Suédois et les Français pendant la guerre de Trente ans. Certains boulets sont même fichés dans les murs d’enceinte.