Gravure de l'ancienne église catholique-romaine Sainte-Pétronille de Pregny-Chambésy.

Le premier lieu de culte catholique romain de Pregny aurait été une chapelle construite au XVème siècle qui se trouvait à la place de l'actuel cimetière de Pregny. Le territoire de Pregny faisait alors partie du pays de Gex qui, au xiie siècle, formait une seigneurie dépendant des comtes de Genève. En 1353, le comte de Savoie Amédée VI le réunit à ses États Savoyards. En 1536, la chapelle devient réformée à la suite de la conquête du Pays de Gex par les Bernois et les Genevois. En 1567, les Bernois, préférant s'assurer le Pays de Vaud, rendent Pregny et les autres territoires autour de Genève à la Savoie. Cependant, le duc Charles III de Savoie était connu comme étant un fervent catholique et un anti-protestants. Les pasteurs de ces territoires demandent alors au duc de laisser le culte protestant dans ces villages. Le duc accède à cette demande le 15 septembre 1567.

En 1590, le territoire est occupé par les Genevois. Dans sa capitulation, le duc Charles III de Savoie inscrit un article disant que tous les habitants du bailliage obtiennent le libre exercice de leur religion, tel qu’ils l’avaient eu par le passé. Un changement important s’effectua alors en France. Le 13 avril 1598, par l’Édit de Nantes, Henri IV étendit et confirma les droits et sûretés consentis aux huguenots par des édits et traités antérieurs. Des modifications politiques d’une haute importance pour le pays de Gex se préparaient entre les cours de France et de Savoie. Genève, se voyant sur le point d’être privée de ce territoire qu’elle avait conquis et administré, entama auprès de Henri IV de pressantes négociations pour être maintenue en possession. Cependant, Henri IV finit par s’entendre avec son adversaire le duc Charles-Emmanuel de Savoie, et signa à Lyon le 17 janvier 1601 un traité par lequel il recevait toute la contrée sur la rive droite du Rhône, s’étendant de Genève à Lyon (c’est-à-dire la Bresse, le Bugey, le Valromey et le pays de Gex). Cette clause était destinée à couper court à toute réclamation éventuelle des Genevois. Pregny appartient donc depuis au Royaume de France. Mais la question religieuse fut la cause de graves difficultés. Comme Pregny était maintenant rattaché au Royaume de France, les habitants envoyèrent donc une députation au roi pour lui adresser la demande que leurs églises continuent d'exercer le culte protestant. En réponse, Henri IV prit l’engagement de laisser aux protestants le libre exercice de leur culte, mais il exigea également que la « liberté de conscience » règne. De ce fait, un grand nombre de prêtres catholiques en profitèrent pour entrer sur le territoire du pays de Gex. François de Sales, évêque de Genève, chercha à déposséder les protestants de tous ceux de leurs biens qui, avant la Réforme, avaient appartenu à l’Église romaine et à les faire adjuger au clergé catholique. C’est ainsi qu’il demanda à reprendre en possession tous les temples du bailliage. À la mort d’Henri IV, la réaction catholique devint plus forte à la cour de France et la seigneurie de Genève ne pouvait plus faire parvenir ses réclamations jusqu’à l’autorité supérieure.

En 1611, deux commissaires, l’un catholique et l’autre Réformé, sont nommés afin de mettre en vigueur l’Édit de Nantes dans le pays de Gex. Les deux commissaires tranchèrent toutes les questions en litige de manière équitable. Une ordonnance est alors rédigée le 12 décembre 1611 stipulant que « la dépossession des temples, cimetières et pensions ne serait exécutoire que lorsque le roi aurait pourvu les réformés de fonds équivalents aux biens qui leur seraient enlevés ». Cependant, François de Sales ayant influencé en sa faveur la reine régente et les membres du Conseil, un arrêt royal vint prescrire l’exécution de l’édit. En vertu de cet arrêt, tous les bénéfices ecclésiastiques devaient être restitués au clergé romain, ainsi que les églises. Deux nouveaux commissaires, Benigne Milletot, conseiller au parlement de Dijon, et Pierre de Brosses, seigneur de Tournay, furent chargés de présider à l’exécution de l’arrêt. Le 16 juillet 1612 et les jours suivants, de Brosses et Milletot entreprirent une visite des paroisses du bailliage : « ils firent, dans chaque localité, la remise solennelle de l’église et des bénéfices entre les mains de Mgr François de Sales et des membres de son clergé ». Les protestants construisirent des temples destinés à remplacer les églises qu’ils avaient dû restituer au clergé romain. Ils parvinrent à en rebâtir dans une vingtaine de villages.

Le 15 avril 1661, le roi Louis XIV décida d’interdire l’exercice du culte réformé dans tout le bailliage du pays de Gex (à l’exception des villages de Ferney et de Sergy). Il est raconté que « Des agents pénétrèrent dans presque tous les temples et brisèrent les bancs, ils en fermèrent et murèrent les portes, enfin ils en enlevèrent les cloches. ». D’après un arrêt de Louis XIV du 23 août 1662, les temples protestants du pays de Gex devaient être démolis. Les destructions sont supervisées par Jean d'Arenthon d'Alex, successeur de François de Sales. La chapelle de Pregny, avec dix-neuf autres, furent donc détruite. En 1682, comme plus aucun catholique ne se trouvait à Pregny, le prince-évêque de Genève, Jean d'Arenthon d'Alex, y fonda une cure. De plus, le 18 décembre 1684, un arrêt du Conseil royal interdit l’exercice du culte réformé dans toute l’étendu du bailliage de Gex.

Entre 1684 et 1685, Jean d'Arenthon d'Alex décida de reconstruire une église catholique à Pregny au même emplacement que l'ancienne chapelle. Il la consacra le 1er avril 1685. Jean d'Arenthon d'Alex va alors placer le curé Louis Frémin de Meyrin, qui est peu aimé des protestants du bailliage, à Pregny le 22 avril 1687 afin de convertir les familles Pregnotes au catholicisme. Pour accélérer la reconversion, le curé Frémin fit prêcher par les pères Capucins une mission durant le mois de janvier 1688. Les jésuites d’Ornex venaient également l'aider.

Source : Église Sainte-Pétronille de Pregny-Chambésy, Jérémy Toma, sur Wikipédia (2015) d'après l'ouvrage : Pregny, commune genevoise et coteau des altesses, Guillaume Fatio (1947).