A l'origine, la douane comptait un étage de moins. C'est Marc Camoletti, mandaté pour réaliser un grand nombre de douanes du canton de Genève, qui intervient sur le bâtiment entre 1897 et 1900. L'architecte ajoute, outre un étage entier qui permet de revoir complètement la distribution des pièces, le pignon croisé, l'oculi, les colombages et la marquise en verre au-dessus de la porte d'entrée, dans une volonté de rendre le tout plus pittoresque, plus "national". Il se peut qu'il ait également construit une annexe au bâtiment. Quoi qu'il en soit, vers 1910-1915, c'est encore à Camoletti qu'on fait appel pour construire la "nouvelle douane" de Perly, encore plus suisse que celle-ci, tout près de la frontière.