«Claude Pollens, surnommé Bessonnis, dernier abbé de L'Abbaye du Lac-de-Joux, remit aux vainqueurs les clefs du monastère en 1542. Il embrassa la nouvelle doctrine, se maria et reçut en rente viagère les terres de Cuarnens. Les moines eurent la faculté de se retirer dans les couvents du canton de Fribourg et de Franche-Comté. Ainsi finit cette puissante abbaye, après 416 ans d'existence.»

Alors le village de L'Abbaye, qui donna son nom à la commune dont il devint le chef-lieu, se développa dès cette époque sur le site du couvent Sainte-Marie-Madeleine du Lac-de-Joux ainsi délaissé par ses occupants, les moines prémontrés.

Le village doit son origine et son nom à l'ancienne abbaye de Prémontrés, fondée entre 1126 et 1134. La bande aux trois coquilles figurant sur les armoiries provient des armes des sires de Grandson, qui furent fondateurs de l'Abbaye du Lac de Joux.
Ses habitants se prénomment les Bayets.